Réalisateur sonore de nombreuses œuvres théâtrales, cinématographiques et discographiques, Daniel Deshays est l’un des principaux théoriciens des territoires du sonore au cinéma. Il a réalisé la bande son de nombreuses créations théâtrales entre 1974 et 2015, dont celles d’Alain Françon. 
Il a régulièrement travaillé pour le cinéma pour lequel il enregistra notamment les musiques du cinéaste Philippe Garrel. Il a également collaboré aux films de Chantal Akerman (Les Années 80, Histoires d’Amérique), Robert Kramer (Notre nazi, Route One/USA), Robert Bober (L’Ombre portée, En remontant la rue Vilin), Ariane Mnouchkine, Rithy Panh, Gabriel Auer, Xavier Beauvois, Coline Serreau, Paul Vecchiali, etc. 
Pour la musique, il a réalisé la production et la prise de son de plus de deux cent cinquante disques (musique contemporaine, classique, chansons, ethnique, jazz et musiques expérimentales). 
Daniel Deshays a développé une vaste réflexion sur la mise en scène du son en soulignant ses qualités visuelles, architecturales et plastiques. Il s’est intéressé aux matières sonores au-delà des simples dialogues ou de la musique pour tenter de mettre en lumière le potentiel dramatique et discursif du matériau, au-delà même du cinéma.